Původně sloužila jako modlitebna rodiny Horowitzů a nacházela se v blízkosti rituální lázně (mikve). Do původní podoby byla obnovena v letech 1950-54.
Stálá expozice: Památník českým a moravským obětem holocaustu
V letech 1955-60 byla Pinkasova synagoga přeměněna na památník téměř 80 000 židovských obětí šoa z Čech a Moravy. Jedná se o jeden z prvních památníků svého druhu v Evropě, který je dílem dvou malířů, Václava Boštíka a Jiřího Johna. Po sovětské invazi v roce 1968 byl památník na více než 20 let pro veřejnost uzavřen. Po pádu komunistického režimu byl kompletně zrekonstruován a znovu otevřen veřejnosti v roce 1995.
